Kerusakan akibat etanol tidak hanya berhenti di bagian tangki atau saluran bahan bakar.
Beberapa penelitian menunjukkan bahwa pada kendaraan lama yang belum dirancang untuk bahan bakar beretanolkerusakan bisa merambah hingga ke dalam mesin.
Misalnya, pada katup dan dudukan katup yang lebih cepat aus, atau ring piston yang kehilangan daya gesek optimal karena efek pelarutan etanol terhadap pelumas mesin.
Selain itu, risiko pemisahan fasa (phase separation) juga mengintai. Ketika kandungan air dalam bahan bakar terlalu tinggi, etanol dan bensin bisa terpisah menjadi dua lapisan.
Campuran yang tidak merata ini dapat membuat mesin gagal menyala atau menghasilkan pembakaran tidak sempurna.
Dalam jangka panjang, kondisi ini bisa menyebabkan kerusakan pada ruang bakar dan sistem pengapian.
Bahkan, dalam beberapa kasus, korosi galvanik juga bisa terjadi. Ketika bahan bakar menjadi lebih konduktif akibat kandungan ion terlarut, arus listrik mikro yang muncul bisa menyebabkan logam-logam berbeda di sistem bahan bakar saling bereaksi dan berkarat.
